Kartu su Lietuvos Nepriklausomybės atgavimo sąjūdžiu atgimė ir Lietuvos žydai. Žydų mokyklos atkūrimas tapo Lietuvos žydų kultūros draugijos (LŽKD) pagrindiniu uždaviniu, kurį įgyvendinant aktyviai dalyvavo LŽKD pirmininkas E.Zingeris, J.Traupianskis, S.Zibucienė, S.Lapickaja, S.Levinas, M.Vildžiūnienė, M.Jakobas.

Žydų mokykla pradėjo veikti 1989 m. spalio 2 d. Iš pradžių žydų bendruomenės nariai vakarais mokėsi jidiš, hebrajų kalbų, žydų istorijos ir tradicijų, o sekmadieniais jaunimas organizavo žydų šventes, rengė diskotekas. Pirmasis mokyklos direktorius buvo S.Levinas. Vadovaujant direktoriui Mišai Jakobui, 1991 m. ši mokykla tapo dienine pradine, vėliau – Vilniaus Šolom Aleichemo vidurine mokykla. 2015 m. rugsėjį mokykla pasitiko savose patalpose Kraševskio gatvėje. Nuo 2020 m. gimnazijai vadovauja Fainos Kukliansky dukra Ruth Reches.