NTAKD misija – saugoti visuomenės sveikatą, mažinti psichoaktyviųjų medžiagų pasiūlą ir paklausą, užtikrinti tarpinstitucinį koordinavimą bei atsižvelgiant į naujus iššūkius ir remiantis mokslu grįstais įrodymais dalyvauti formuojant valstybės politiką psichoaktyviųjų medžiagų pasiūlos ir paklausos mažinimo srityse. Nuo 2020 m. iki 2022 m. departamentui vadovavo prof. dr. Renaldas Čiužas, jam apsisprendus trauktis, departamentui laikinai – iki 2022 m. birželio – vadovavo Stebėsenos ir analizės skyriaus vedėja Evelina Pridotkienė. Nuo birželio iki dabar laikinai NTAKD vadovo pareigos pavestos departamento direktoriaus pavaduotojai Gražinai Belian.