CPVA turi teisę be išankstinio derinimo su Europos Komisija (EK) priimti sprendimus, susijusius su lėšų administravimu. Pagal EDIS reikalavimus agentūra sukūrė valdymo ir kontrolės sistemą, skirtą vykdyti Šengeno priemonę, Specialiąją Kaliningrado tranzito, Ignalinos ir kt. programas.