Pastaruosius 2 sezonus M.Šernius užėmė trenerio asistento pareigas Ukrainos komandoje Slobožanskės „Prometey“.
Praėjusiame sezone klubas gan sėkmingai startavo Europos taurėje ir grupių etapą užbaigė 4-oje pozicijoje, o iš turnyro pasitraukė ketvirtfinalyje.
2020–2021 m. sezone, užimdamas Prienų „CBet“ vyr. trenerio pareigas šilutiškis buvo išrinktas Lietuvos Krepšinio Lygos metų treneriu.
Lietuvoje strategas yra darbavęsis Šiaulių „Šiauliuose“, kur karjeros pradžioje buvo asistentu bei Pasvalio „Pieno Žvaigždėse“ – čia užėmė tiek trenerio asistento, tiek vyriausiojo trenerio pareigas.
Mantas Šernius per savo karjerą taip pat yra dirbęs Lietuvos vyrų rinktinės skautu bei Lietuvos moterų rinktinės vyriausiuoju treneriu.
Jis poste pakeis trejus metus dirbusį ir sutarties toliau vadovauti klubui negavusį Virginijų Šeškų.
