Dėl dalies įtarimų – daugiausia susijusių su bendrovės nekilnojamojo turto pardavimo sandoriais – tyrimas nutrauktas, suėjus patraukimo baudžiamojon atsakomybėn senaties terminui. Dėl kitų įtariamų veikų ikiteisminis tyrimas nutrauktas nenustačius faktinių duomenų apie bankrutavusios skrydžių bendrovės buvusių vadovų ir akcininkų sukčiavimą (Baudžiamojo kodekso 182 str. 2 d.).
Ikiteisminis tyrimas dėl bendrovės vadovų ir akcininkų galimo sukčiavimo ir kitų įtartų nusikalstamų veikų pradėtas 2009 metais, bankrutavus didžiausiai Lietuvos skrydžių bendrovei. Jo metu nagrinėta, ar nebuvo nusikalstamų veikų požymių skrydžių bendrovės vadovų ir akcininkų veiksmuose 2005 – 2009 metais parduodant skrydžių bendrovei priklausantį turtą, steigiant naujas įmones.
Ikiteisminio tyrimo metu buvo apklausta kelios dešimtys liudytojų, paskirtos užduotys specialistams, išsiųsti tarptautinės teisinės pagalbos prašymai į užsienio valstybes, atlikta daug kitų ikiteisminio tyrimo veiksmų.
Beveik 200 tomų apimties ir itin sudėtingo ikiteisminio tyrimo trukmę lėmė atsakymų į tarptautinės teisinės pagalbos prašymus, nekilnojamojo turto vertintojų ir kitų specialistų išvadų gavimas, jų nagrinėjimas ir vertinimas. Vienos paskutinių išvadų buvo gautos tik šių metų spalio mėnesį. Tačiau atsižvelgiant į tai, kad šis rezonansinis tyrimas dėl dalies įtartų nusikalstamų veikų buvo nutrauktas suėjus senaties terminui, Generalinės prokuratūros vadovybė pavedė aukštesniajam prokurorui įvertinti, ar šis prokuroro nutarimas yra teisėtas ir pagrįstas, ar nebuvo galimybės baigti jo per trumpesnį laiką.
2016 m. lapkričio 29 d. nutrauktą ikiteisminį tyrimą atliko Lietuvos kriminalinės policijos biuro pareigūnai, jam vadovavo Generalinės prokuratūros Organizuotų nusikaltimų ir korupcijos departamento bei Baudžiamojo persekiojimo departamento prokurorai.
