2016 metais Vyriausybė iš pareigų J.Milių atleido, kai buvo nepritarta jo ataskaitai.
Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo, kuris nagrinėja J.Miliaus skundą dėl atleidimo, nuomone, siekiant priimti sprendimą pirmiausia reikia įvertinti Vyriausybės nepritarimo jo ataskaitai pagrįstumą, bet jos paaiškinimuose pasigendama konkrečių pagrindų, kodėl nutarta nepritarti ataskaitai.
„Nurodytas argumentas, jog ataskaita buvo vertinama ir kitos turimos informacijos ir dokumentų kontekste, aiškiai nenurodant, kokių būtent dokumentų turinys buvo vertinamas kartu ir kas konkrečiai sudarė pagrindą spręsti dėl nepritarimo ataskaitai, – taip pat neleidžia nustatyti nepritarimo pagrindų“, – rašoma LVAT nutartyje.
Teismas taip pat pažymėjo, kad Vyriausybės pasitarime nepritarta ataskaitai, o posėdyje priimtas sprendimas dėl pareiškėjo atleidimo iš pareigų patvirtina tik Vyriausybės sprendimą, tačiau ne argumentus, kuriais remiantis šis sprendimas priimtas.
Tai jau antras kartas, kai dėl J.Miliaus atleidimo prašoma Konstitucinio teismo išaiškinimo.
2017-ųjų balandį tokį prašymą buvo pateikęs Vilniaus apygardos administracinis teismas, kuriam kilo abejonių dėl to, kad sprendimas dėl atleidimo priimtas „nesant Vyriausybės posėdyje Vyriausybės narių daugumos priimto ir oficialiai paskelbto nutarimo dėl nepritarimo Vyriausybės įstaigos vadovo veiklos ataskaitai“.
Konstitucinis teismas praėjusių metų kovą konstatavo, kad Vyriausybės 2016-ųjų nutarimas dėl J.Miliaus atleidimo iš pareigų neprieštarauja Konstitucijai, tačiau nevertino, ar Vyriausybė pagrįstai nepritarė jo ataskaitai. Tai ištirti turėtų J.Miliaus atleidimo bylą nagrinėjantis teismas.
Atnaujinęs bylos nagrinėjimą Vilniaus apygardos administracinis teismas birželį atmetė J.Miliaus skundą ir paskelbė, kad jo atleidimas buvo teisėtas.
Šį sprendimą apskundęs Lietuvos vyriausiajam administraciniam teismui J.Milius teigė, kad teismas netyrė ir nesuformavo savo pozicijos dėl Vyriausybės sprendimo nepritarti veiklos ataskaitai pagrįstumo.
J.Milius prašo grąžinti jį į darbą ir sumokėti vidutinį atlyginimą už laiką, kurį jis atleistas.
Teisėsauga J.Miliui yra pareiškusi įtarimus piktnaudžiavimu tarnyba ir dokumentų klastojimu. Ikiteisminis tyrimas dar vyksta.