Žemės savininkai, nesutikdami su apskaičiuotu žemės mokesčiu, turi teisę jį ginčyti, pateikdami skundą Mokestinių ginčų komisijai. Ginčyti galima, neatsižvelgiant į tai, ar žemės mokestis buvo sumokėtas, ar ne. Asmenys Komisijai gali apskųsti ne tik patį mokestį, bet ir apskaičiuotus delspinigius, jei mano, kad yra pagrindas atleisti nuo delspinigių ar jų dalies skaičiavimo, remiantis Mokesčių administravimo įstatyme nurodytais pagrindais ir teisės principais.
Pastaraisiais metais daugiausia ginčų žemės mokesčio srityje kilo dėl to, kad mokesčių administratorius apskaičiavo žemės mokestį, neatsižvelgdamas į Žemės mokesčio įstatyme nustatytas lengvatas. Tokios situacijos susidarė, nes VĮ Registrų centro Nekilnojamojo turto registro duomenys nesutapo su faktine situacija.
Iš visų Komisijos priimtų su žemės mokesčiu susijusių sprendimų šiais metais net 56 proc. atvejų buvo įvertinta palankiai mokesčių mokėtojams.
Gyventojai ar įmonės dažniausiai nesutiko su tuo, kad žemės mokestis buvo apskaičiuotas už žemės ūkio paskirties žemę, kurioje įveistas miškas arba už miško žemę, kai šis faktas nebuvo įregistruotas Nekilnojamojo turto registre. Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas laikosi pozicijos, kad Nekilnojamojo turto registro duomenys, apskaičiuojant žemės mokestį, yra tik vienas iš įrodymų; jeigu yra kitokių įrodymų, turi būti įvertinta jų visuma bei tik tada priimamas sprendimas dėl žemės mokesčio deklaracijos suformavimo. Mokesčių mokėtojams įrodžius (pavyzdžiui, pateikus Miškų valstybės kadastro tvarkytojo informaciją) kitokį miško ar įveisto miško plotą nei nurodoma Nekilnojamojo turto registre, ginčas paprastai sprendžiamas palankia mokesčių mokėtojams kryptimi.
Ginčų yra kilę ir dėl to, kad gyventojams žemės mokestis buvo apskaičiuotas už paveldėtus žemės sklypus, kurie paveldėtojo vardu buvo įregistruoti Nekilnojamojo turto registre ne iš karto, o po kelių metų nuo palikėjo mirties. Ginčuose buvo patvirtinta pozicija, jog žemės mokestis skaičiuojamas nuo palikimo atsiradimo dienos, t. y. nuo žemės palikėjo mirties dienos, o ne įregistravimo registre dienos.
Be aptartų ginčų, taip pat yra buvę situacijų, kai gyventojai pateikė skundus, nesutikdami su padidintu žemės mokesčio tarifo skaičiavimu už apleistą žemę. Vienas iš ginčų pasiekė Lietuvos vyriausiąjį administracinį teismą, kuris patvirtino mokesčių administratoriaus apskaičiuotą žemės mokestį.
