Kaip nurodoma Sveikatos apsaugos ministerijos (SAM) teikime Vyriausybei, sujungiant tuberkuliozės ir S. Kudirkos ligonines siekiama optimizuoti sveikatos priežiūros paslaugų teikimą ir gerinti jų prieinamumą bei kokybę. Be to, reorganizavus įstaigą norima užtikrinti efektyvesnį ligoninių valdymą, finansinių ir žmogiškųjų resursų paskirstymą.
Dabartinio ligoninės vadovo Romualdo Radivono teigimu, įstaiga susiduria su finansinėmis problemomis, o šalyje iš esmės mažėja sergamumas tuberkulioze. Todėl, anot direktoriaus, remiantis Pasaulinės sveikatos organizacijos rekomendacijomis, turėtų būti mažinamos ir stacionarinio gydymo lovos, skiriant resursus ambulatorinių paslaugų apimčių plėtrai.
Ministerija akcentuoja, jog reorganizavus ligoninę tuberkuliozės gydymo paslaugos nebus nutraukiamos. Taip pat pažymima, jog Alytaus tuberkuliozės ligoninė yra paskutinė tokio tipo gydymo įstaiga – Klaipėdos, Romainių tuberkuliozės ligoninės buvo prijungtos atitinkamai prie Respublikinės Klaipėdos ligoninės ir Kauno klinikų.
Vyriausybei pritarus nutarimo projektui, konkreti tuberkuliozės ligoninės reorganizavimo data bus nustatyta vėliau. SAM nurodo, kad pertvarkymą planuojama užbaigti kitų metų pavasarį, o jo procesą koordinuos darbo grupė, kurį rugpjūčio mėnesį bus sudaryta iš reorganizuojamų ligoninių ir dalininkų atstovų.
Alytaus miesto savivaldybė jau yra pritarusi ligoninių reorganizacijai.