Vilniaus miesto dalies Santariškės pavadinimas nusistovėjo 1940 metais. Lietuvių kalbos tyrėjai nurodo, jog galimos dvi vietovardžio Santariškės kilmės galimybės:
1. pavadinimas kilęs iš lietuvių kalbos žodžių santara, santaras – t. y. santaika, susitarimas, susiklausymas, darna;
2. vietovardžio kilmė gali būti siejama ir su asmenvardžiu Santaras.
„Mintis keisti Santariškių klinikų pavadinimą kilo prieš 7 metus. 2008 m. mes buvome vieni iš iniciatorių kuriant Santaros slėnio asociaciją. Šio slėnio tikslas - plėtoti biotechnologijos, molekulinės medicinos ir biofarmacijos, inovatyvių medicinos technologijų, informatikos ir komunikacijų technologijų sektorių, fundamentinį ir taikomąjį mokslą, taip pat rengti aukščiausiosios kvalifikacijos specialistus. Tai labai susišaukia ir su Santaros klinikų siekiu teikti pažangias, daugiaprofilines aukšto lygio sveikatos priežiūros paslaugas pacientams, plėtoti biomedicinos inovacijas, būti ekonomiškai stipriu ir lyderiaujančiu medicinos centru Baltijos regione, biomedicinos mokslo ir mokymo centru, vystančiu ir diegiančiu inovatyvias biomedicinos bei informacines technologijas. Per tuos 7 metus aplinkui vyko įvairūs pokyčiai – šalia ligoninės tiesiama nauja Santaros gatvė, mūsų įstaigoje įkurti Santaros medicinos bei Santaros vaisingumo centrai. Tad nuo gegužės 1 d. visų pacientų lauksime jau Santaros klinikose“, – apie sprendimą keisti ligoninės pavadinimą pasakoja Santaros klinikų generalinis direktorius prof. Kęstutis Strupas.