Praėjusį sezoną žaidėjas praleido Pasvalio „Pieno žvaigždžių“ ekipos gretose. Per trisdešimt devynerias sužaistas „Betsafe–LKL“ čempionato rungtynes jis vidutiniškai ant parketo leido po 16:35 min., rinko po 4,8 taško, atkovojo po 1,5 kamuolio ir atliko po 1 rezultatyvų perdavimą.
Baltijos krepšinio lygos čempionate M. Varnas sužaidė 17 rungtynių. Per vidutiniškai 20:52 min. kiekvienose rungtynėse atakuojantis gynėjas rinko po 8,47 taško, atkovojo po 3,3 kamuolio ir atliko po 1,5 rezultatyvaus perdavimo.
Praėjusią vasarą M. Varnas vilkėjo Lietuvos U-20 krepšinio rinktinės marškinėliais Europos vaikinų jaunimo krepšinio čempionate Graikijoje. Su 11,9 taškų, 5 atkovotų kamuolių bei 3 rezultatyvių perdavimų vidurkiu jis buvo vienas iš rinktinės lyderių.
2017 metų rugsėjį Lietuvos čempionų komanda pranešė pasirašiusi ilgalaikį kontraktą su prieš tai ketverius metus dublerių sistemoje praleidusiu ir netgi pagrindinėje komandoje kojas jau apšilusiu M. Varnu.