Antrajame atrankos etape dalyvauja 67 komandos. 20 iš Čempionų lygos iškritusių komandų varžysis atskiroje grupėje, o kitoje grupėje varžysis 47 pirmojo etapo nugalėtojai. Pastarojoje grupėje yra ir „Žalgiris“.
Kaip įprasta, komandos reitinguojamos į du krepšelius. „Žalgiris“ patenka tarp aukštesnį reitingą turinčių komandų. Šiuos du krepšelius UEFA suskirstė į mažesnes grupes.
„Žalgiriui“ teko 12 grupė greta garsiojo „Milan“ ir trys potencialūs varžovai – Paolos „Hibernians“ (Malta), „Bodø/Glimt“ (Norvegija) ir Dublino „Shamrock Rovers“ (Airija).
Antrojo atrankos etapo burtų traukimas vyks rugpjūčio 31 d. nuo 14 val. UEFA būstinėje.
Rungtynės numatomos rugsėjo 17 d. Kaip ir pirmajame etape, nugalėtojas paaiškės per vienerias rungtynes.
Nugalėtojai pateks į trečiąjį etapą, kurio burtai bus traukiami iš anksto – ceremonija vyks rugsėjo 1 d. nuo 14 val. Trečio etapo rungtynės bus žaidžiamos rugsėjo 24 d.
Visos klubines atrankos varžybas UEFA nurodymu rengiamos be žiūrovų.
