Prieš aštuonerius metus M.Nikoličius kartu su bendražygiais perėmė „Žalgirio“ futbolo klubą iš Pietų IV sirgalių. Naujam gyvenimui prikėltame legendiniame Lietuvos futbolo klube M.Nikoličius buvo atsakingas už komandos formavimą, žaidėjų transferų klausimus bei sportinius rezultatus.
Per pirmus tris sezonus A lygos bronzą ir sidabrą pelniusi sostinės ekipa 2012 m. iškovojo pirmąjį trofėjų – Lietuvos futbolo federacijos taurę, o 2013 m. pasidabino ir aukso medaliais. Pakilęs į viršūnę „Žalgiris“ ketverius metus karaliavo Lietuvos futbolo padangėje ir iš viso laimėjo net 15 trofėjų.
„Po aštuonerių metų intensyvaus darbo, atėjo laikas pagalvoti ir apie savo, kaip sporto direktoriaus – specialisto svajones. Pasitaikė unikali proga išbandyti save ne Lietuvoje, o Kroatijoje – šalyje, kur futbolo industrija sparčiai vystosi.
Prisijungus prie „Žalgirio” vyriausiam treneriui Aurelijui Skarbaliui matau, kiek ir kaip dirba visas trenerių štabas, todėl jaučiu, kad atėjo metas kai galiu ryžtis pokyčiams. Tenka pripažinti, kad mano gyvenimas nudažytas „žaliai-baltomis” spalvomis ir to jau niekas nepakeis, tačiau norint tobulėti – reikia išeiti iš komforto zonos, – pareiškė M.Nikoličius. – Komandos komplektavimo procesas jau beveik baigtas, trenerių kolektyvas energingai kibo į darbą, gausėja ir futbolininkų gretos. Beliko suderinti sutartis su paskutiniais keliais naujokais ir komanda bus pasirengusi sezono mūšiams.
Todėl viską apsvarstęs, nusprendžiau atsisakyti kasdienio darbo klube. Lieku klubo valdyboje, kuruosiu sporto sritį, kartais būsiu Lietuvoje su „Žalgiriu“. Kita vertus, bus naudinga į komandą pažiūrėti ir iš šalies, o įžvalgomis pasidalinti su klubo nariais.“
Per savo darbo metus „Žalgiryje“ M.Nikoličius sufomavo pajėgų čempioniško kalibro kolektyvą, kurio sąskaitoje yra keturi Lietuvos čempionų titulai, šešios Lietuvos futbolo federacijos taurės bei penkios šalies Supertaurės. 2013 m. „Žalgiris“ UEFA Europos lygos atrankos varžybose pasiekė ketvirtą – lemiamą etapą, o pastaruosius keturis sezonus dalyvavo Čempionų lygos atrankos varžybose.
2010 m. į A lygą sugrįžęs klubas jau 2012 m. atvertė naują istorijos puslapį UEFA turnyruose, per 6 metus iš UEFA klubų reitingo 38-osios vietos pakilo į 187-ąją ir šiuo metu yra aukščiausioje pozicijoje per Lietuvos klubinio futbolo istoriją.
