Iki šiol egzistavęs veiklos organizavimas, anot ministerijos kanclerio Valdo Aleknavičiaus, buvo nelankstus, todėl, siekiant efektyvesnio darbo, buvo nuspręsta pakeisti ministerijos struktūrą.
„Ministerijos struktūra nebeatitiko šiuolaikinio žemės ūkio keliamų iššūkių. Siekiame stiprinti svarbiausias žemės ūkio politikos sritis, orientuotis į tvarumo ir Žaliojo kurso specifiką.
Nauja struktūra užtikrins, kad užduotys būtų įgyvendinamos laiku, atskirų skyrių funkcijos bus aiškiau apibrėžtos, o specialistų atliekami darbai nebesidubliuos“, – sako kancleris V. Aleknavičius.
Daugeliui valstybės tarnautojų ir ministerijos darbuotojų, kurių pareigybės, atliekant pertvarką, buvo naikinamos, pasiūlyta užimti lygiavertes pareigas. Galimybę tęsti savo karjerą ministerijoje turėjo visi. Šiuo metu ministerijoje yra 330 darbo vietų.
Dalis ministerijos specialistų dirbs ir Kaune, kur lieka Strateginio planavimo departamento Ekonominės analizės skyrius. Šiame mieste dirbs ir daugiau ministerijos darbuotojų. Iš viso laikinojoje sostinėje įsteigtos 22 darbo vietos.
Ministerijoje veiks Tvarios žemės ūkio gamybos ir maisto pramonės, Žemės ir nekilnojamojo turto politikos, Finansų ir biudžeto, Strateginio planavimo bei Europos Sąjungos reikalų ir paramos politikos departamentai.