Jis daug prisidėjo tiriant gintaro vagystę iš Palangos gintaro muziejaus 1990-aisiais. Tų metų lapkritį iš muziejaus buvo pavogti 76 eksponatai, o vienas jų – Saulės akmuo, trečias pagal dydį akmuo Europoje, sveriantis 3,698 kg. Tada vagys buvo greitai pagauti ir nubausti. Mat jie nebuvo itin išradingi ir baigiantis darbo dienai paprasčiausiai pasiliko patalpose ir pasislėpė. Jie buvo nuteisti ir jau atliko savo bausmę.
Teisės aktų registre yra įrašas, kad 1992 metų sausio 9 dieną policijos darbuotojas Henrikas Margenis buvo apdovanotas Sausio 13-osios atminimo medaliu už drąsą ir pasiaukojimą ginant Lietuvos laisvę ir nepriklausomybę.
Tais pačiais 1992 metais H.Margenis Vidaus reikalų ministerijoje (VRM) sukūrė kontržvalgybos valdybą ir jai vadovavo. Ši tarnyba, pasak buvusio VRM organizuotų nusikaltimų tyrimų tarnybos komisaro Juozo Rimkevičiaus, „iš tikrųjų virto kitaminčių VRM sistemoje persekiojimo ir įvairiausių avantiūrų organizavimo, bet tik ne kovos su nusikalstamumu struktūra.“
Kontržvalgybai H.Margenis vadovavo tuo metu, kai „Vilniaus brigada“ vadinama nusikaltėlių grupuotė gyveno geriausius laikus, o vidaus reikalų ministru buvo Petras Valiukas. Tuometinės Vidaus reikalų ministerijos duomenimis, kontržvalgybos vadovas vidaus reikalų ministrą P.Valiuką supažindino su vienu „brigados“ lyderių Dovydu Kaplanu, pravarde Dodikas. Dodikas buvo pristatytas kaip žmogus, galintis padėti aprūpinti Vidaus reikalų ministeriją ginklais.
Tuomet kilo vadinamasis vamzdžių skandalas. Paaiškėjo, kad tuometė Vidaus reikalų ministerijos vadovybė ginklus policijai pirko iš Izraelio piliečių, susijusių su „Vilniaus brigada“. Dokumentuose ginklai buvo vadinami vamzdžiais. Atsiskaitant už ginklus per Latvijos banką, pradingo iš Lietuvos biudžeto ginklams pirkti skirtų pinigų dalis – per 400 tūkst. litų.
Per kratą D.Kaplano namuose buvo rasti Vidaus reikalų ministerijos sandėrio dėl automatų „Kalašnikov“ tiekimo iš Lenkijos dokumentai.
Vilniaus policijos viršininko pavaduotojas Antonis Mikulskis neseniai duodamas interviu „Lietuvos rytui“ prisiminė, kad dėl šios kratos patyrė didžiulį spaudimą.
„Žinau, kas stengėsi, kad jai būtų sutrukdyta. Darant kratą į įvykio vietą atvažiavo asmuo su antpečiais ir ėmė mums nurodinėti, kad mes to nedarytumėme ir pasišalintume. Jis greitai atsidūrė ant grindų, buvo nuginkluotas, o rankos surakintos“, – pasakojo patyręs kriminalistas.
Pats H.Margenis 1997-aisiais dienraščio „Respublika“ žurnalistui Audriui Lingiui yra teigęs, kad mafijai nedirbo: „Niekada nedirbau ir nedirbsiu jokiai mafijai. Aš visą gyvenimą tuos banditus sodinau už grotų. O jeigu apie mane tiek daug kalbama, tai dirbau ne veltui – blogas tas policininkas, kurį visi myli.
Aš, kaip kontržvalgybos vadovas, tiksliai atlikau užduotį. Sandėrio dalyviai buvo saugūs, pats sandėris buvo įvykdytas tiksliai, kaip numatyta kontrakte. Dabar, praėjus tiek metų po minimų įvykių, visi drąsūs kalbėti: policija bendravo su mafija, bet kur buvo visi „kalbėtojai“, kai reikėjo apginkluoti policiją ir stiprinti kraštą.
Teisinga patarlė „Po karo ir čigonas drąsus“. Kodėl tada mes taip ir negavome nė vieno įspėjimo nei apie M.Brandvainą, nei apie B.Naifeldą, nei apie D.Kaplaną? Kur tada buvo operatyvinės tarnybos su savo žiniomis?
Ne Margenis organizavo ginklų pirkimą, o Lietuvos Vyriausybė. Į Lietuvą buvo atvykę ir du Izraelio žvalgybos „Mossad“ karininkai, kurie kruopščiai patikrino D.Kaplano asmenybę. Šie žvalgybininkai tik teigiamai charakterizavo ir ginklų pardavėją H.Ben Arį, kad ir kaip ten būtų, jo tėvas – Kneseto narys.
O ir D.Kaplanas tiksliai įvykdė kontrakto sąlygas. Jis rublius ministerijai iškeitė pačiu palankiausiu kursu. Apie „Aro“ palydą „Vilniaus brigados“ vadeivos aš pats sužinojau tik iš spaudos. Netiesa ir tai, kad „Aro“ vadas atšaukė savo vyrus sužinojęs, ką jie saugo. „Aro“ apsauga kontržvalgybininkais buvo pakeista operatyviniais tikslais.
Dabar, žvelgiant iš laiko perspektyvos, suvokiu, kad ginklų pirkimo operacijos sėkmė buvo gal ir dvilypė – laimėjo ir Lietuvos policija, ir kartu savo pozicijas sustiprino „kitas pasaulis“.“
H.Margenio reputacijai pakenkė ir žinios apie tai, kad jis davė nurodymą skirti „Aro“ vyrų apsaugą „Vilniaus brigados“ vadeivoms Borisui Dekanidzei ir Igoriui Tiomkinui, 1992 metų vasaros pradžioje vyriausybiniu lėktuvu gabenusiems iš apyvartos išimtus rublius.
Tai paaiškėjo per V.Lingio teismo procesą, kai buvo pagarsinta VRM pažyma apie „Vilniaus brigadą“. Joje buvo pažymima, kad VRM kontržvalgybos skyriaus viršininkas H.Margenis buvo davęs nurodymą tuometiniam antiteroristinių operacijų rinktinės „Aras“ vadui lydėti kompanijos „M&S International NV“, kurią kontroliavo su „Vilniaus brigada“ sieti asmenys, krovinius.
Tada, 1992-ųjų vasarą, H.Margenio pozicijos VRM susvyravo. Tačiau jo karjerą paskandino Panevėžyje klostęsi įvykiai. 1992 metais, klestint spirito kontrabandai, Aukštaitijos sostinės ekonominė policija susekė į Panevėžį atgabentą didelį kiekį alkoholio.
Ekonominės policijos pareigūnai, vadovaujami inspektoriaus Sergejaus Piskunovo, kurį vėliau nušovė „tulpinių“ gaujos vadeivos, patikrino automobiliu kontrabandą atlydėjusį asmenį. Jie nustatė, kad kontrabandininkų „stogu“ buvo tapęs sostinės kelių policijoje dirbęs H.Margenio brolis.
Žiniasklaidai paskelbus apie tai, pas vidaus reikalų ministrą atėjęs H.Margenis atnešė atsistatydinimo pareiškimą ir išėjo į privatų verslą.
1997 metų pradžioje tuomet Akciniame inovaciniame banke dirbęs H.Margenis ir „Vilniaus prekybos“ savininkas Ignas Staškevičius įsigijo po 10 proc. dienraščio „Panevėžio balsas“ akcijų. Pagrindiniu laikraščio akcininku tapo verslininkas, tarptautinio SAF koncerno vadovas Gintautas Čepas. Jam priklausė 32 proc. akcijų. Šio koncerno darbuotojas Nomedos Simėnienės rankose liko 16 proc. akcijų.
1997 metų gegužės 23 dieną vidaus reikalų ministras Stanislovas Juocevičius pasirašė įsakymą, kuriuo į VRM Mokesčių policijos departamentą buvo priimtas dirbti buvęs VRM Kontržvalgybos skyriaus vadovas H.Margenis. Mokesčių policijoje jis vadovavo operatyviniam darbui.
1998 metų gegužės mėnesį V.Žiemelis, jau nebūdamas vidaus reikalų ministru, pasirašė įsakymą, kuriuo Mokesčių policijos departamento vyresnįjį komisarą H.Margenį apdovanojo vardiniu ginklu. Netrukus H.Margenis buvo išleistas į pensiją.
Ką H.Margenis veikė pastarąjį dešimtmetį, mažai žinoma.
