Profesorius A.J. Stanaitis gimė 1934 metų vasario 15 dieną, Marijampolės apskrityje (dabar Kazlų Rūdos savivaldybė), Ąžuolų Būdos kaime. Pradinę mokyklą baigė Ąžuolų Būdoje, gimnaziją – Kazlų Rūdoje, geografijos studijas su pagyrimu – Vilniaus universitete.
Dirbo dviejuose institucijose: Lietuvos Mokslų Akademijos Geologijos ir geografijos institute (1958 – 1962 m.) ir Lietuvos edukologijos universitete (iki 1992 m. Vilniaus pedagoginis institutas, 1992–2011 m. Vilniaus pedagoginis universitetas). Pastarajame universitete profesorius dirbo daugiau kaip 50 metų (1962 – 2013). 1965 m. A.J. Stanaičiui suteiktas docento, 1989 m. – profesoriaus, 1985 m. – Lietuvos nusipelniusio dėstytojo vardai.
A.J. Stanaitis paskelbė apie 500 mokslo ir mokslo populiarinimo straipsnių. Profesoriaus mokslinis darbas buvo kelių krypčių. Pradžioje daugiau dėmesio skirta fizinei geografijai – ežerų morfometrijai, paleogeografijai, bendrajai limnologijai. Geografijos mokslų kandidato disertacijos „Pietryčių Lietuvos ežerų raida terasų tyrimų duomenimis“ pagrindu A.J.Stanaitis paskelbė mokslinius darbus, iš kurių paminėtini šie leidiniai: Ežerai gimsta, bręsta ir miršta (su A. Garunkščiu, 1969), Kodėl senka Lietuvos ežerai“ (bendraautorius A.Garunkštis).
Svari ir kita mokslinio darbo kryptis – gyventojų geografija ir demografija. Čia A.J. Stanaitis daugiausia dėmesio skyrė demografijos ir gyventojų geografijos, urbanizacijos ir etnografijos problemoms. Tyrimų pagrindu parengti reikšmingi mokslo darbai: „Lietuvos TSR gyventojai“ (su P. Adliu, 1973); „Pasaulio gyventojai“ (1981); „Gyventojų geografija“ (1984); „Lietuvos TSR žemės ūkio geografija“ (1985); „Gyvenviečių geografija ir darbo jėgos ištekliai“ (1978). ir kt.
Pastaraisiais dešimtmečiais profesorius didelį dėmesį skyrė saugomų teritorijų problemoms, ekologiniam švietimui, gamtosaugai, kraštotyrai, Lietuvos istorinei geografijai, išleisdamas leidinius: „Plungė – Babrungo kraštas“ (su A. Garunkščiu ir R. Kontvainu, 1993); „Žemaičių žemė“ (su R. Kontvainu ir K. Švedu, 1999); „Lietuvos istorinė geografija“ (1999–2002, d. I–II) ir kt.
Daug energijos, sumanumo pareikalavo iš profesoriaus administracinis-organizacinis darbas. Daugiau kaip dvidešimt metų (1965 – 1987) jis vadovavo didžiausiam Vilniaus pedagoginio universiteto Gamtos ir geografijos fakultetui, penkiolika metų (1972 – 1982 ir 1987 – 1992) – Geografijos katedrai.
Pastaraisiais metais daug pastangų ir laiko įdėta kartu su „Tėviškės gamtos“ mėnraščio bendradarbiais ir bendraminčiais įkuriant Gamtos bičiulių asociaciją, kurios tikslas – propaguoti gamtosaugos idėjas, ekologiškai šviesti visuomenę, ugdyti meilę gimtinės gamtai.
Profesorius A.J. Stanaitis buvo daugelio mokslinių ir visuomeninių organizacijų vadovas, narys, ekspertas. 1986–1989 m. Lietuvos geografų draugijos prezidentas; 2005 – 2012 m. Gamtos bičiulių asociacijos (GBA) prezidentas; LR švietimo ir mokslo ministerijos Lietuvos ir Lenkijos istorijos ir geografijos vadovėlių ekspertų komisijos narys; Lietuvos mokslo ir studijų, Statistikos departamentų, geografijos mokslinių žurnalų ir leidinių komisijų narys, ekspertas ir kt.
Profesorius apdovanotas Aplinkos ministerijos Česlovo Kudabos premija už nuopelnus šalies gamtosaugai (2012), Lietuvos geografų draugijos Kazio Pakšto medaliu už geografijos žinių sklaidą, pedagoginę ir organizacinę veiklą (2009), Kūno kultūros ir sporto departamento prie Lietuvos Respublikos vyriausybės sporto garbės Komandoro ženklu už nuopelnus Lietuvos sportui (2004), Lietuvos edukologijos universiteto medaliu už nuopelnus universitetui (2011).
Lietuvos Edukologijos universiteto Alumnų draugija dėl profesoriaus A.J. Stanaičio netekties pareiškė užuojautą velionio žmonai Stasei, vaikams Sauliui ir Šarūnei kitiems šeimos nariams, geografų bendruomenei, buvusiems kolegoms bendradarbiams, dėstytojams ir studentams.
Atsisveikinimas su velioniu vyks gegužės 9 d. (antradienį) nuo 9.00 iki 13.30 val. laidojimo paslaugų centre, M. K. Paco g. 4, Antakalnyje, Vilniuje (už Vilniaus Šv. apaštalų Petro ir Povilo bažnyčios).
Urna išnešama gegužės 9 d. 13.30 val. Laidotuvės vyks Kairėnų kapinėse.
