Paežerių dvaro pradžia turėtų siekti seniausių Sūduvos dvarų kūrimosi laikus – XVI-XVII a., kai šis kraštas buvo intensyviai apgyvendinamas. Nuo XVII a., vidurio dvaro valda priklausė stambiems magnatams Raudondvario Zabieloms, rašoma Vilkaviškio turizmo ir verslo informacijos centro pranešime.
Rezidentinius rūmus Paežeriuose pasistatė Simonas Zabiela (1750-1824). Dvaro sodybos ansamblį suprojektavo ankstyvojo ir brandaus klasicizmo atstovas, kūrybingas architektas Martynas Knakfusas (1740 – 1821), kuris čia gyveno po 1794 m. sukilimo.
Į Paežerių dvarą veda kaštonų alėja. Priešais rūmų fasadą driekiasi parteris. Už rūmų, šiaurinėje dalyje, buvusio kanalo link, ežero pakrantėje kadaise vedė terasomis suformuota parko dalimis nusidriekusi tuopų alėja.
Pietvakariniame vejos krašte – dvaro oficina su prie jos prisišliejusiu neogotikinio stiliaus Belvederio bokštu. Už oficinos išlikęs ledainės pastatas bei buvusi dvaro kiaulidė. Rūmų parteryje augantis senasis glaustašakis ąžuolas, pagal legendą, pasodintas dvaro įkūrimo proga. Paežerių dvaro parkas ir sodas, užimantis 12 ha plotą, šiaurinėje dalyje šliejasi prie Paežerių ežero.
Tai mišraus tipo parkas su pratekamųjų tvenkinių sistema bei išlikusiomis liepų alėjomis.
Mirus paskutiniam Gauronskiui, našlė Ona Gauronskienė apsigyveno dvare. 1939 m. dvarą iš jos nupirko Vasario 16-osios Nepriklausomybės Akto signataras, bankininkas Jonas Vailokaitis (1886-1944). Jo iniciatyva buvo rekonstruotas interjeras: įvestas centrinis šildymas, nugriautos dekoratyvinių koklių krosnys. 1940 m. J. Vailokaitis emigravo į Vokietiją, o dvare įsikūrė Žemės ūkio mokykla, kuri iš rūmų buvo iškelta 1942 m., nes čia įsikūrė vokiečių okupacinės valdžios generalinis komisaras F. A. fon Rentelnas.
1945-1947 m. Paežerių dvaras buvo Vilkaviškio tarybinio ūkio centras.
1952-1994 m. dvaro ansamblis priklausė Vilkaviškio melioracijos statybos valdybai.
1994-1995 m. Paežerių dvaras tapo Vilkaviškio rajono savivaldybės nuosavybe.
1995 m. jis buvo perduotas Lietuvos dailės muziejui.
Nuo 1997 m. Paežerių dvaro rūmuose įsikūrė Vilkaviškio krašto muziejus.
Restauravus dvaro oficiną, apžvalgos bokštą, ledainę, čia įkeliamos krašto muziejaus ekspozicijos, o rūmuose 2004 m. įkuriamas Sūduvos (Suvalkijos) regioninis kultūros centras.
2016 m. vasarą abi įstaigos sujungtos. Dabar čia veikia Suvalkijos (Sūduvos) kultūros centras-muziejus.
Rūmų aplinką pagyvina naujai įrengti pasivaikščiojimo takai parke.
Paežerių dvaras garsėja klasikinio pobūdžio muzikiniais vakarais, edukacinėmis programomis, Sūduvių amatų švente, Paežerių dvaro festivaliu, dvarų senovinės muzikos festivaliu „Viva la musica“ ir kitais renginiais.
