Vienuolyno pastatų nusavinimo istorija prasidėjo, kai sovietmečiu nacionalizuotas vienuolyno turtas buvo perduotas naudoti Profesinių sąjungų tarybai, o šioji minimu turtu
leido naudotis Lietuvos mokslo techninėms draugijoms. Prasidėjus
Atgimimui, Lietuvos mokslo techninių draugijų suvažiavimas
nusprendė atsisakyti pavaldumo sovietinėms organizacijoms ir buvo
reorganizuotas į Lietuvos mokslo ir technikos draugijų asociaciją
(LMTDA).
1991 metų liepos 2 dieną LMTDA kartu su kitais asmenimis
pasirašė bendrovės „Mokslo ir technikos rūmai“ steigimo sutartį,
kurios pagrindu 1991 metų liepos 11 dienos aktu steigiamos bendrovės
akcijas apmokėjo nepiniginiu įnašu - vienuolyno pastatais.
Ieškovas Mažesniųjų brolių konventualų (pranciškonų)
ordino vienuolynas 2004 metų liepos 14 dieną kreipėsi į teismą ir
prašė panaikinti pastatų teisinę registraciją atsakovo „Pranciškonų rūmai“ vardu ir įpareigoti
atsakovą grąžinti šiuos pastatus valstybei.
Ginčai teismuose truko beveik devynerius metus. LAT byla
nagrinėta pagal atsakovo „Pranciškonų rūmai“ kasacinį skundą.
LAT konstatavo, kad tuo metu, kai vyko ginčas dėl pastatų
perleidimo galiojo įstatymas „Dėl maldos namų bei kitų pastatų
grąžinimo religinėms bendruomenėms“. Pagal jo nuostatas turėjo
būti aišku, kad ginčo pastatai grąžintini religinei bendruomenei
ir negali būti perleisti privačion nuosavybėn.
Vyriausybė šioje byloje palaikė Mažesniųjų brolių
konventualų (pranciškonų) ordino vienuolyno ieškinio reikalavimus.
