Nuo 1949 m. vasario 16 d. iki mirties 1954 m. lapkričio 26 d. Jonas Žemaitis-Vytautas buvo kovojusios su okupacija Lietuvos valstybės vadovas, faktiškai vykdęs Respublikos Prezidento pareigas, Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio Tarybos 1949 m. vasario 16 d. deklaracijos signataras, LLKS Tarybos Prezidiumo pirmininkas, partizanų generolas. Jonas Žemaitis-Vytautas, išskirtinis prieškario Lietuvos kariuomenės karininkas, neiškėlė šeimos gerovės aukščiau duotos priesaikos, išmanė ir taikė partizaninės kovos subtilybes, kovojo iki pat organizuotos rezistencijos pabaigos. Jis vienas ilgiausiai partizanavusių Lietuvos kariuomenės karininkų.
„Aš, kaip ir kiti mano bendraminčiai, manau, kad Sovietų Sąjunga ginkluotomis pajėgomis įsiveržė į mūsų šalį. Šį sovietų vyriausybės žingsnį laikau neteisėtu. < > Aš vis tiek manau, kad kova, kurią aš vedžiau devynerius metus, turės savo rezultatų.“
Šia Jono Žemaičio-Vytauto mintimi, išsakyta sovietiniame teisme, galima būtų užbaigti jo gyvenimo ir kovos istoriją, kurią jis pradėjo 1945 m. pavasarį ir tęsė iki 1954 m. lapkričio 26 d. Ji reziumuoja vertybinius principus, kurių jis ryžtingai laikėsi, joje viskas: kario išdidumas ir principingumas, tvirtas stoiškas charakteris, šeimos ir tautos tragedija bei tolimos pergalės nuojauta. Kovojančios Lietuvos Prezidentas – taip paprastai jį vadiname – neturėjo nei rūmų, nei kanceliarijos, bet turėjo autoritetą, žinias, patirtį ir valią.
Jonas Žemaitis suprato, kad labai svarbu partizanams susivienyti ir kad kova turi vykti ne tik ginklu, bet ir žodžiu bei politiniu darbu. Jo pastangos daug lėmė, kad 1949 m. vasario 16 d. partizanų vadams pavyko susitikti ir įkurti Lietuvos laisvės kovų sąjūdį (LLKS), karinę organizaciją, prisiimančią atsakomybę už okupuotą Lietuvą ir padariusią tai, ko nesugebėjo buvusios Lietuvos politikai: suformuoti vieningą pasipriešinimo vadovybę, okupuotos Lietuvos vyriausybę. Jonas Žemaitis-Vytautas buvo išrinktas LLKS Tarybos prezidiumo pirmininku, viso judėjimo vadovu. Nenusilenkti priešui ir kovoti iki galo buvo kovojančios Lietuvos Prezidento kelias ir pasirinkimas.
Lietuvos ypatingajame archyve saugomi Jono Žemaičio-Vytauto „Laisvės kovotojo Tėvynei pareigų ėjimo lapai“. Tokius lapus pildė partizanai, o jų paskirtis – užfiksuoti kiekvieno atskiro laisvės kovotojo veiklą Lietuvos laisvės kovos sąjūdyje (LLKS). Šie dokumentai buvo slapti, pakankamai detalūs ir reikšmingi, juose pateikta informacija apie veiklą iki partizanavimo, slapyvardžiai, dalyvavimas kautynėse, sužeidimai, kariniai laipsniai, apdovanojimai ir kiti pasiekimai. Taigi šiuos „Laisvės kovotojo Tėvynei pareigų ėjimo lapus“ pildė pats Jonas Žemaitis-Vytautas. Įdomu, kas pačiam partizanų vadui pasirodė reikšminga.
