Pirmieji duomenys apie žydų bendruomenę Čekiškėje siekia 1687-uosius. Sinagoga Čekiškėje jau stovėjo 1765 m., bet 1887 m. liepos 22 d. gaisrui sunaikinus didžiąją dalį miestelio, buvo sunaikinta ir sinagoga. Po gaisro pastatas atstatytas ir beveik nepakitęs išliko iki šių dienų.
Tarpukariu Čekiškėje veikė pradinė mokykla, kurioje buvo mokoma jidiš kalba, biblioteka ir žydų bankas. Čekiškės sinagogos eksterjeras išliko beveik nepakitęs nuo XIX a. pabaigos. Tai istoristinis, raudonų plytų, netinkuotas, dviejų aukštų pastatas, kurio plokštumos suskaidytos piliastrais.
Sinagogoje išliko gausiai dekoruotas aron kodešas. Taip pat išliko nepakitusi sinagogos vidinė struktūra – stačiakampio plano vyrų maldų salė ir atvira, vadinama moterų, galerija antrajame aukšte.
Sinagogos pastato tvarkybos darbai finansuoti Lietuvos Respublikos Paveldotvarkos programos, Kauno rajono savivaldybės ir Kauno žydų religinės bendruomenės lėšomis. Tvarkybos darbų projekto rengėjas – nekilnojamojo kultūros paveldo apsaugos specialistas Vaidas Grinčelaitis, darbams vadovavo nekilnojamojo kultūros paveldo apsaugos specialistas Tadeušas Stefanovičius.
Tvarkybos darbų metu restauruoti sinagogos mūras, stalių gaminiai (langai restauruoti atkuriant juos pagal išlikusius lango rėmų ir staktų fragmentus), lauko durys, grindys (demontavus vėlesnio laikotarpio pakeltas grindis atkurtos medinės, atidengti centrinės bimos pamatai), lubos, išorinis balkonas (galerija) vakariniame fasade, konservuoti išsikišusių sijų galai. Taip pat pakeista stogo danga ir įrengta lietaus nuvedimo sistema, atidengtos užmūrytos autentiškos angos fasaduose, atlikti interjero polichrominiai tyrimai ir archeologiniai žvalgymai. Ateityje numatyta restauruoti aron kodešą.
Dabartinio Čekiškės miestelio vietoje 1542 m. minimas Piktakiemio kaimas. XVI a. viduryje į pietryčius nuo Piktakiemio, už upelio buvo įkurtas Čekiškės dvaras (ankstesnis vardas – Čekakampiai). 1600 m. jau minima ir Čekiškės gyvenvietė (Šedvydžių dvaro žemėse).
XVII a. Čekiškė priklausė dvarininkui Gedgaudui Jurgiui Gedgaudui Mackevičiui, kuris apie 1620 m. pastatė bažnyčią ir įkūrė parapiją. 1625–1627 m. čia pradėjo veikti parapinė mokykla.
1687 m. Vilkijos seniūnijos inventoriuje minimas tuščias 6 valakų kaimas – Piktakiemis arba Čekiškė. Miestelis pradėjo kurtis XVII a. pabaigoje – XVIII a. pradžioje, 1762 m. gavo turgaus ir prekymečių privilegiją. XIX a. pirmoje pusėje čia veikė parapinė mokykla.
1857 m. Čekiškėje buvo 51 sodyba. 1863 m. su Rusijos imperijos kariuomenės daliniais čia kovėsi B. Koliškos vadovaujami sukilėliai. 1885 m. veikė 3 maldos namai, pašto stotis. 1902 m. buvo įsteigta valdiška pradinė mokykla. XX a. 3-ajame dešimtmetyje miestelyje buvo lentpjūvė, malūnas, dvi milo vėlimo ir dvi kailių bei odų dirbtuvės, apie 20 parduotuvių.
