Stogas buvo restauruotas, remontuotas, pašalinta avarijos grėsmė, įrengtos apsaugos techninės priemonės. Tai bene pati seniausia bažnyčia Kauno mieste, vienintelė Lietuvoje gotikos stiliaus bažnyčia, turinti kryžiaus formos planą (su koplyčiomis iš šonų). Kultūros paminklu ji paskelbta 2002 metais.
Pasak istoriko Alberto Vijūko-Kojalavičiaus, bažnyčią 1400 m. pastatė Vytautas, tokiu būdu pareikšdamas padėką Dievui, leidusiam gyvam grįžti iš Vorsklos mūšio. Bažnyčia paskirta vienuoliams pranciškonams.
Pranciškonai Lietuvoje žinomi nuo Mindaugo ir Gedimino laikų. Pirmą kartą dokumentuose bažnyčia minima 1439 m. Bokštas pastatytas vėliau nei pati bažnyčia, tačiau apie 1600 m. jis jau stovėjo, nes dailininkas Tomašas Makovskis 1600 m. graviūroje bažnyčią vaizduoja su bokštu, kuris galbūt atsirado kaip orientyras Nemunu plaukiantiems laivams.
XVII a. švedų ir rusų kariuomenės bažnyčią buvo apiplėšę ir apgriovę. 1669 m, ji buvo atstatyta. 1812 m. prancūzų imperatorius Napoleonas Bonapartas iš Vytauto bažnyčios padarė ginklų sandėlį.
Tačiau pralaimėję karą ir bėgdami per Lietuvą prancūzai bažnyčią padegė. 1831-1832 m. bažnyčia buvo paversta Rusijos kariuomenės maisto sandėliu, o 1850-1853 metais pertvarkyra į stačiatikių cerkvę. Katalikams bažnyčia grąžinta 1919-aisiais.
Su šiuo kultūros paveldo objektu siejasi daug žymių asmenybių. 1920 m. rugpjūčio 15 d. bažnyčią pašventino prelatas Adomas Dambrauskas-Jakštas. Nuo 1930-ųjų, Vytauto Didžiojo jubiliejinių metų ji vadinama Vytauto vardu.
Entuziaztingai bažnyčios atnaujinimo darbų nuo 1920 m. ėmėsi čia kunigavęs Juozas Tumas-Vaižgantas. Jis įrengė didijį altorių, įsigijo dailės kūrinių.
Kunigaujant Vaižgantui bažnyčia buvo labai populiari tarp Kauno inteligentijos. 1919-1934 m. bažnyčios įrengimui vadovavo dailininkai Paulius Galaunė, interjerą kūrė Petras Kalpokas ir Alfonsas Janulis.
933 m. J. Tumas-Vaižgantas buvo palaidotas kairiojoje bažnyčios navoje. Kaip rašo Junona Almonaitienė ir Vytenis Almonaitis knygoje „Kauno senamiestis“ (2020), J. Tumo-Vaižganto kapavietė – vertingiausias memorialinis objektas šioje bažnyčioje. Tikėtina, kad J. Tumo-Vaižganto palaikai po kurio nors potvynio buvo iš čia iškelti, tačiau nežinoma kur.
1938 m. bažnyčioje buvo įstatyti dailininko Vytauto Bičiūno vitražai. Šventovė smarkiai nukentėjo per Nemuno potvynį 1946-aisiais ir buvo pradėta restauruoti 1970-aisiai. Pagal architektės Stefanijos Čerškutės projektą, remiantis XVII a. T. Makovskio graviūra, buvo atstatyta 27,9 m aukščio bokšto smailė.
1991 metais bažnyčios viduje buvo pastatyta Vytauto Didžiojo skulptūra (autorius – Gediminas Jokūbonis). Ypač dideli šventovės tyrimo, restauravimo ir tvarkymo darbai atlikti 1979-1989 m., kai bažnyčios rektoriumi dirbo kunigas Liudvikas Čechavičius. Bažnyčios interjerą yra pertvarkęs ir 1989-1992 m. čia kunigavęs Ričardas Mikutavičius.
Parengta pagal KPD inf.
