Pirmosios, 1490 metais statytos, Bernardinų bažnyčios skliautai įgriuvo dėl nusėdusių pamatų. Bažnyčia buvo išardyta, liko sveika tik zakristija ir presbiterija (už pagrindinio didžiojo altoriaus esanti pusapvalė bažnyčios dalis, kurioje kadaise melsdavosi vienuoliai). Tai dabar seniausios bažnyčios dalys.
Naujos bažnyčios skliautai sumūryti 1511–1515 metais. Sprendžiant iš išlikusių fragmentų stilistinės įvairovės presbiterijos vidus buvo dekoruojamas iki pat XIX amžiaus. Fragmentiškai yra išlikę keturi dekoravimo etapai – nuo gotikinės tapybos iki klasicizmo.
„Presbiterijos sienų tapybos restauravimo metu atidengus XVI amžiaus antrosios pusės kompoziciją nustatyta, kad joje vaizduojami šventieji arkangelai Mykolas ir Rapolas.
Iki šiol nėra tiksliai nustatyta kompozicijos paskirtis – tai gali būti epitafija, altorėlio retabulas ar tiesiog sienų tapybos technika atliktas paveikslas“, – sakė Vilniaus dailės instituto vyriausioji mokslo darbuotoja dr. Rūta Janonienė.
Bet kokiu atveju tiek stilistine prasme, tiek ikonografijos požiūriu kūrinys yra retas.
Menotyrininkės teigimu, sienų tapybos kompozicija su šv.Mykolo ir šv.Rapolo figūromis Vilniaus bernardinų bažnyčios presbiterijoje labai vertinga tiek istoriniu, tiek meniniu požiūriu.
Ji mus pasiekė palyginti sunykusi, be to, neišliko kompozicijos apatinė dalis.
Vis dėlto išlikusioje dalyje figūrų piešinį buvo galima rekonstruoti remiantis atidengtais tapybos fragmentais ir analogais.
Visas presbiterijos šiaurinės sienos paviršius prieš restauraciją buvo labai pažeistas laiko, tinkas ir dažų bei tapybos fragmentų paviršiai sutrūkinėję, vietomis atšokę. Iš 300 kvadratinių metrų sienos tapyba sudaro 110 kvadratinių metrų. Restauratorių laukė kruopštus darbas.
Šv. arkangelas Rapolas šiame piešinyje vaizduojamas už rankos laikantis Tobijų (siužetas iš Biblijos), o šv.Mykolas – su iškeltu kalaviju. Neišlikęs tik tekstas prie šios kompozicijos.
Buvo daryti ir tyrimai infraraudonaisiais spinduliais, ypač tose vietose, kur sunku buvo perskaityti prastai matomą gotikinę tapybą.
Ant kolonos, skiriančios presbiteriją nuo kitos bažnyčios erdvės, buvo matyti tapytas herbas. Atlikus tyrimą infraraudonaisiais spinduliais išryškėjo Povilo Alšėniškio herbas. Jis bus visiškai atkurtas.
Šiaurinės presbiterijos sienos konservavimo-restauravimo darbai jau baigti.
Pietinėje sienoje atlikti pirmojo etapo darbai (sutvirtintas tinkas ir atidengti piešiniai).
Antrasis darbų etapas, kai bus retušuojama šios sienos tapyba, atkuriami piešiniai, numatytas kitais metais. Skliautai taip pat laukia restauratorių rankų.
