Manoma, kad pirmieji vėją „pasikinkė“ babiloniečiai. Apie tai užsimenama valdovo Hamurabio (valdė 1792–1750 m. prieš Kristų) teisyne. Konstrukcijos su vėjo sukamais sparnais tuo metu dažniausiai į laukus tiekė vandenį. Apie 400 m. prieš Kristų egiptiečiai naudojo horizontalios ašies vėjo varomą mechanizmą. I amžiuje po Kristaus panašų aprašė ir išradėjas Heronas iš Aleksandrijos.
Tokie malūnai Persijoje veikė nuo IX amžiaus. Jiems buvo būdinga vertikali veikimo ašis su prie jos pritvirtintais sparnais ar burėmis. XIII a. viduryje persų mokslininkas Abu Yahya Zakariya ibn Muhammadas al-Qazwini (Kazvinis; 1203–1283), apkeliavęs vėjuotą smėlio regioną tarp Persijos ir Afganistano, rašė: „Ten vėjas niekada nenurimsta, todėl šių vietų žmonės pastatė malūnus, kuriuose tik ir mala savo grūdus.“ Kinų statyti vertikalios ašies malūnai nuo persiškųjų šiek tiek skyrėsi savo konstrukcija. Nors ir lėtesni, vertikalios ašies malūnai vienodai veikė pučiant bet kokios krypties vėjui.
Pirmieji vėjo malūnai su horizontalia rotoriaus ašimi pasirodė 1180 m. Flandrijoje, Pietryčių Anglijoje ir Normandijoje. Iš pradžių jie veikė tik pučiant tam tikros krypties vėjui. XIII a. pradėti statyti bokštiniai malūnai, galintys pasisukti pagal vėjo kryptį. XVI a. Olandijoje pasirodė vadinamieji kepuriniai malūnai – prieš vėją galėjo pasisukti viršutinė jų dalis su sparnais.
Vėliau kaip grybai po lietaus malūnai Europoje dygo visur, kur buvo pakankamai vėjuota – Prancūzijoje, Olandijoje, Anglijoje, Vokietijoje, Lenkijoje, Baltijos ir Skandinavijos šalyse, Šiaurės Rusijoje. 1850 m. Olandijoje sukosi apie 10 tūkst. vėjo malūnų. Pietų Europoje (Ispanijoje, Portugalijoje, Prancūzijoje, Italijoje, Balkanų šalyse, Graikijoje) buvo statomi bokštiniai malūnai su fiksuotu stogu. Kolonistai vėjo malūnų idėją išplatino JAV, Pietų Afrikoje, Australijoje ir Naujojoje Zelandijoje. Atsiradus garo mašinoms jų pradėjo mažėti.
Šiuolaikinis vėjo malūno variantas – vėjo jėgainė, kuri vėjo energiją paverčia elektros energija. Labai vėjuotose vietovėse, pavyzdžiui, Vokietijoje prie Magdeburgo, įrengiamos ištisos „vėjo fermos“. Šioje šalyje esama daugiau nei 20 tūkst. vėjo jėgainių. Danijoje jos pagamina apie ketvirtadalį visos elektros energijos. Jūroje statomos plūdriosios vėjo jėgainės.
Lietuvoje pirmieji vėjo malūnai pradėti statyti XIV a. prie Baltijos jūros. XIX a. pradžioje tokių malūnų jau buvo visur, bet daugiausia Vidurio Lietuvoje. XIX a. antroje pusėje veikė 200, XX a. trečiojo dešimtmečio pradžioje – jau apie 1000 vėjo malūnų. Kai kuriose vietose sparnus suko po kelis: Kupiškyje buvo 5, Panevėžyje ir Radviliškyje – po 4, Šiauliuose – 3. Vėjo malūnai malė grūdus, jų sparnai suko įvairias stakles ir lentpjūvių mechanizmus.
Praūžus Antrajam pasauliniam karui dauguma malūnų nebeveikė, kituose pradėta naudoti elektros energija. Atkūrus nepriklausomybę bendrovė „Vėjas“ 1991 m. Vyšniūnuose Prienų rajone suprojektavo ir ėmėsi statyti 60 kW galingumo vėjo jėgainę, deja, dėl lėšų stokos ir techninių nesklandumų darbų nebaigė. 1993 m. bendrovė „Jėga“ Kaune pastatė ir išbandė tokio pat galingumo jėgainę. Pirmoji pramoninė vėjo jėgainė išbandyta 2002 m. Skuode. 2004 m. Vydmantuose Kretingos rajone pradėjo veikti parodomoji vėjo jėgainė, 2006 m. – 30 MW galingumo vėjo jėgainių parkas tarp Palangos ir Kretingos, per metus pagaminantis 64 mln. kWh elektros energijos.
Dabar Lietuvoje veikia daugiau kaip 70 vėjo jėgainių. Jos pagamina 1–2 proc. Lietuvoje suvartojamos elektros energijos.
