Nagrinėtoje byloje ginčas kilo dėl Trakų rajono savivaldybės administracijos išduoto leidimo, kuris, anot pareiškėjo Aplinkos apsaugos departamento, buvo išduotas pažeidžiant teisės aktus, priimtas pažeidžiant tokio pobūdžio leidimo išdavimo tvarką bei nebuvo derintas nei su Trakų istorinio nacionalinio parko direkcija, nei su Kultūros paveldo departamentu.
LVAT teisėjų kolegija nutartyje pažymėjo, kad pagal galiojančią tvarką, gavusi prašymą, savivaldybės administracija organizavo prašymo išduoti leidimą nagrinėjimą. Savivaldybės administracija ir sudaryta Želdynų ir želdinių apsaugos ir priežiūros komisija įvertino prašomų kirsti, persodinti, kitaip pašalinti ar genėti saugotinų medžių ir krūmų būklę vietoje.
Byloje buvo nustatyta, jog iš pateikto byloje komisijos posėdžio protokolo nėra aišku, ką konkrečiai svarstė Komisija savo posėdyje – ar techninį darbo projektą, ar prašymą išduoti leidimą, ar atliko želdinių būklės ekspertizę. Minėtame protokole pateikiamos išvados nekonkrečios.
Anot teismo, priimant sprendimą komisija dėl atskirų klausimų turėjo priimti atskirus, aiškiai įformintus ir išdėstytus sprendimus, tačiau tai padaryta nebuvo.
Taip pat pažymėta, kad pirmosios instancijos teismas pagrįstai sprendė, jog priimant komisijos protokolą buvo pažeisti komisijos nuostatai dėl pastarosios sprendimų priėmimo tvarkos, o Trakų rajono savivaldybės administracija leidimą išdavė pažeisdama Saugotinų medžių ir krūmų kirtimo, persodinimo ar kitokio pašalinimo atvejų, šių darbų vykdymo ir leidimų šiems darbams išdavimo, medžių ir krūmų vertės atlyginimo tvarkos aprašo reikalavimus.
Pažymima, kad įvertinusi visas byloje esančias aplinkybes bei pateiktus įrodymus, LVAT teisėjų kolegija apeliacinį skundą atmetė ir pirmosios instancijos teismo sprendimą panaikinti Trakų rajono savivaldybės administracijos išduotą leidimą kirsti saugotinus medžius paliko nepakeista.