Didžiausia kolonija – Juodkrantės. Čia didieji kormoranai pradėjo perėti apie 1990 m., ir jų nuolat gausėjo. Šių paukščių gausai Juodkrantėje reguliuoti šaldomos jų dėtys. Tai vienintelė kolonija, kur taikomos kormoranų gausos reguliavimo priemonės. Kadangi kitose kolonijose jų porų skaičius yra stabilus, ten atliekamas tik monitoringas.
Šiemet Juodkrantėje perėjo apie 4 tūkst. didžiųjų kormoranų porų. Taikant specialias priemones lizduose atšaldyta per 900 dėčių. Jeigu būtų bandyta atšaldyti daugiau dėčių, kiltų grėsmė kartu su kormoranais perinčių pilkųjų garnių lizdų saugumui.
Kita pagal gausą kolonija – Nemuno deltoje. Šiemet čia suskaičiuota daugiau nei 3,7 tūkst. kormoranų porų. Trečia gausi šių paukščių kolonija yra Pajūrio regioninio parko Plazės rezervate, kur kasmet suskaičiuojama iki 1,2 tūkst. lizdų.
Didieji kormoranai nuo viduramžių gyveno Lietuvoje, bet kai kuriais laikotarpiais buvo išnaikinti. Pirmoji vieta, kurioje 1985 m., po maždaug šimtmečio pertraukos, vėl buvo aptiktas kormorano lizdas – Garnių sala Elektrėnų mariose. Nuo tada didieji kormoranai čia peri pastoviai. Šių metų duomenimis, čia perėjo 57 poros.
Vis dėlto jau ne vienus metus visuomenėje nėra sutarimo vertinant šiuos paukščius. Kormoranų priešininkai ragina mažinti jų populiaciją, nes jie niokoja mišką, išgaudo žuvį. Gamtininkų teigimu, didieji kormoranai kaltinami nepelnytai.
Kaip sako aplinkos ministro patarėjas Marius Čepulis, jie žvejoja daugiausia menkavertes žuvis, vieninteliai iš paukščių naikina invazines žuvis grundalus rubuilius, o kormoranų kolonijose peri į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų saugomų rūšių paukščiai: meletos, uldukai ir kt.
Kormoranai, kaip ir bet kuri kita laukinių paukščių rūšis, yra saugomi ES ir nacionaliniu lygiu. Jų populiacijos reguliavimas galimas tik išimtiniais atvejais, gavus Aplinkos apsaugos agentūros leidimą. Apie šiuos reguliavimo atvejus Aplinkos ministerija kasmet informuoja Europos Komisiją.
