Upių vagose, siekiant pagerinti hidromorfologines sąlygas, sudėti didelio skersmens rieduliai, suformuoti akmenų metiniai (iš akmenų sudėtos specialios struktūros) ir bunos, išardytos patvankos. Taip atkuriama kuo įvairesnė tėkmė, būdinga žmogaus nepaveiktoms upėms. Be to, pakrantės apželdintos medžiais.
Akmenų metiniai permaišys vandens masę ir padidins deguonies koncentraciją, o tai padės atkurti žuvų išteklius ir sudarys palankesnę aplinką bestuburių rūšims. Greta augantys medžiai sudarys šešėlį, mažins vandens temperatūrą ir tuo pačiu saugos upes, kad neapželtų. Kartu jos bus skatinamos natūraliai apsivalyti.
Renatūralizuojamuose upių ruožuose panaudotos tik gamtinės kilmės medžiagos. Pasirinktos priemonės upėms tvarkyti nekeis vagos trajektorijos ir nesukels žalingos krantų erozijos. Vaga liks savo vietoje ir nepažeis gretimų privačių sklypų, nesutrikdys drenažo sistemų ir neapsunkins jų priežiūros, nesumažins upės pralaidumo liūčių, tirpsmo laikotarpiu, nekliudys žuvų ar kitų gyvūnų migracijai.
Taip pat bus išsaugotos galimybės prižiūrėti vagas ir šlaitus, drenažo sistemas. Dėl to ateityje reikės mažiau aplinkosauginių priemonių rekonstruojant melioracijos griovius.
Sureguliuotos upės neatitinka geros ekologinės būklės reikalavimų ir be papildomų priemonių mažai tikėtina, kad ji galėtų atsistatyti artimiausiais dešimtmečiais.
Šiuo metu tvarkoma dar 11 šalies upių: Nevėžis, Kernavė, Juosta, Upytė, Juostinas, Molaina, Įstras, Pyvesa, Marnaka, Vyžinta ir Vokė. Jeigu gamtinės sąlygos bus palankios, jų renatūralizaciją planuojama užbaigti 2022 m. pavasarį.
Švelnioji renatūralizacija – tai sraunumų, užutekių, duburių ir slenksčių sudarymas vagoje, tėkmės srautą keičiančių bunų ar dugninių slenksčių įrengimas, vandens gyvūnams apsigyventi tinkamų substratų įvairovės padidinimas, panaudojant gamtines medžiagas iš akmenų, gargždo ir medienos.
Projektą „Vandens telkinių būklės atstatymas upių vagų renatūralizavimo priemonėmis“ įgyvendina Aplinkos apsaugos agentūra kartu su UAB „Bebrusai“, UAB „Senasis ežerėlis“, „Žiuko įmonė“, VŠĮ „Gamtos paveldo fondas“ ir UAB „Domstata“.
