Vykdant projektą septyniuose mažųjų erelių rėksnių apsaugai įsteigtuose biosferos poligonuose ir šešiose kitose vietovėse, jau surasta daugiau kaip 200 šių erelių lizdaviečių. Jos užregistruotos Aplinkos ministerijos Saugomų rūšių informacinėje sistemoje.
Įgyvendinant projektą taip pat tvarkomos prastos lizdavietės - sutvirtinami seni ar keliami nauji dirbtiniai lizdai, rengiamas nacionalinis mažojo erelio rėksnio apsaugos planas. Nuo 2011 m. žiemos sutvarkyta 70 lizdaviečių, o iki projekto pabaigos 2015 m. balandį planuojama sutvarkyti dar bent 10 lizdaviečių.
Saugant šių paukščių lizdavietes, Miškų kirtimo taisyklės draudžia vykdyti pagrindinius kirtimus 100 metrų atstumu nuo mažųjų erelių rėksnių lizdų. Kiti miško kirtimai ir medienos ištraukimas šioje zonoje draudžiami paukščių veisimosi metu - nuo balandžio 1 d. iki rugsėjo 1 d. Lietuvoje taip pat įsteigtos septynios teritorijos, kuriose įsipareigota užtikrinti mažųjų erelių rėksnių apsaugą: Biržų girios, Gedžiūnų miško, Gubernijos miško, Labūnavos miško, Lančiūnavos miško, Šimonių girios ir Taujėnų-Užulėnio miškų biosferos poligonai.
Europos žemyne gyvena apie 19 tūkst. porų, arba 95 proc. visos pasaulinės mažųjų erelių rėksnių populiacijos. Lietuvos miškuose peri daugiau kaip 2 tūkst. mažųjų erelių rėksnių porų. Lietuva, Latvija, Baltarusija ir Lenkija yra šios rūšies gausumo epicentre - čia gyvena du trečdaliai žemyno populiacijos.
1980-2006 metais mažųjų erelių rėksnių Lietuvoje sumažėjo daugiau kaip 20 proc. Žmogus kelia grėsmę šiai rūšiai naikindamas lizdavietes pagrindinių kirtimų metu, trikdydamas ir lankydamasis netoli lizdaviečių perėjimo ir jauniklių auginimo metu. Neigiamą įtaką turi ir mitybos buveinių plotų mažėjimas dėl intensyvėjančios žemdirbystės ar dėl savaiminio apaugimo mišku nustojus ūkininkauti.
