Darbų metu restauruota ir konservuota stogo konstrukcija, pakeista pažeista mediena, plombuoti mūrtašiai, sijos, gegnės, stygos ir vėjo ryšiai.
Taip pat restauruota ir stogo danga, „Marselio“ tipo molio čerpės pakeistos naujomis „S“ tipo, pagal rastus pavyzdžius pastogėje. Remiantis istoriniais-ikonografiniais tyrimais, restauruotas signatūrinis bokštas, atkurtos jo buvusios formos.
Iki XX amžiaus pradžios ikonografinėje medžiagoje matomas visiškai kitoks šio bokšto, esančio ant stogo virš presbiterijos, siluetas. Vėlesnių remontų metu jis buvo nuardytas ir pakeistas žemesniu, lėkštesnių formų bokšteliu.
Atliekant tyrimus nustatyta, jog jo būklė bloga, medinės konstrukcijos pažeistos puvinio, sutrūnijusios, skardos danga pratekanti, kiaura.
Dėl šios priežasties buvo nuspręsta restauruoti signatūrinį bokštą atkuriant jo buvusias formas. Tokiu būdu bažnyčia taip pat atgavo buvusį siluetą. Be kita ko, restauruotas ir signatūrinio bokšto kryžius, atkurtos jo netektys, atstatyta geometrija ir auksavimas, kryžius sumontuotas ant atkurto burbulo, įrengta žaibosauga.
Atliekant stogo dangos ardymo darbus buvo rastas skardos lakštas su pažymėtu gamybos štampu, priklausančiu gamintojui Piotrui Šuvalovui.
Šis Rusijos valstybės ir karo veikėjas, nuo 1757 metų ėjęs Ginklų kanceliarijos viršininko pareigas, pastatydino artilerijos gamyklą ir įsteigė pramonės bei kasybos įmonių. Jose ir buvo pagamintas lakštas, nugulęs ant šv. arkangelo Rapolo bažnyčios stogo. Šis lakštas galimai buvo štampu pažymėtas apie XIX pab.-XX a. pr., kuomet buvo atliekami dideli remonto darbai. Šis lakštas paliktas ir eksponuojamas bažnyčios pastogėje.
Restauravus paauksuotą kryžiaus burbulą, prieš jį sumontuojant, į jo vidų įdėtas laiškas ateities kartoms, kuriame aprašyta bažnyčios būklė iki tvarkybos darbų, aprašyti planuojami ir atlikti darbai. Įdėtos ir bažnyčios fotografijos, ikonografija, aprašytos turimos istorinės žinios.
Įdėta šių dienų valiutos ir dovana tiems, kas jį ras, taip pat parašytas ir palinkėjimas. Laišką pasirašė klebonas, restauratoriai, architektai, konstruktoriai ir visi, kurie prisidėjo prie stogo restauravimo darbų.
Tvarkybos darbus atlieka bendrovė „Vilniaus restauratoriai“. Tvarkybos darbų projektą parengė „Senamiesčio projektai“. Projektas finansuojamas pagal Lietuvos ir Šventojo Sosto sutarties dėl bendradarbiavimo švietimo ir kultūros srityje įgyvendinimo 2020 metų programą.
Darbų vertė – 247,2 tūkst. eurų, 1,56 proc. lėšomis prisideda ir parapija. Dešiniajame Neries krante stovinti Vilniaus šv. Arkangelo Rapolo bažnyčia priklauso šv. arkangelo Rapolo bažnyčios ir jėzuitų vienuolyno statinių ansambliui.
Ansamblį XVIII amžiaus pradžioje pradėjo statyti jėzuitai, kuriems 1697 metais Vilniaus vaivada Kazimieras Sapiega dovanojo Šnipiškes.
Bažnyčia statyta 1702-1730 metais Vilniaus žemės teismo raštininko Mykolo Koščico lėšomis. Statybas rėmė Vilniaus vaivada Kazimieras Jonas Sapiega, lauko etmonas Mykolas Kazimieras Radvila. Bažnyčia konsekruota 1730 metų rugsėjo 28 dieną, tačiau statybos tęsėsi toliau.
1752 metais architektas Jonas Valentas Dyderšteinas bažnyčios bokštus paaukštino trečiuoju ir ketvirtuoju tarpsniais. Ši bažnyčia ir jėzuitų namai įsikūrė ties nedidele kalva, ant kurios 1720 metais buvo pastatyta koplytėlė su kryžių nešančio Kristaus skulptūra. Ji neišlikusi.
Panaikinus jėzuitų ordiną, 1773 metais bažnyčia ir vienuolynas atiduoti pijorams, o 1791 metais tapo parapine. Kompaktiško stačiakampio plano, dvibokštė, bazilikinė bažnyčia yra pereinamojo laikotarpio – iš brandžiojo į vėlyvąjį baroką – stiliaus.
Šioje bažnyčioje 1904 metų rugpjūčio 14 dieną susituokė Lietuvos prezidentas Antanas Smetona ir Sofija Chodakauskaitė-Smetonienė.
