Nors Bernardinų kapinių kolumbariume gali būti laidojami Vilnių garsinę žmonės, savivaldybė pastaraisiais metais suteikė tik vieną išskirtinį leidimą.
Savivaldybės tvirtinimu, vakarinį kapinių kolumbariumą būtų galima normaliai naudoti tik suremontuotą, tačiau iki šiol net nėra parengto kolumbariumo sutvarkymo projekto. Vadinasi, kolumbariumas dar ilgai nebus naudojamas.
Kapinių tvarkymo taisyklėse nurodyta, kad Bernardinų kapinėse laidojama tik į šeimos kapus, o šių kapinių kolumbariume laidojami kremuoti palaikai.
Niša kolumbariume skiriama asmenims, savo darbais garsinusiems Vilnių, nusipelniusiems Užupio bendruomenės nariams.
Laidojant asmenį savivaldybei būtina pateikti Kultūros ministerijos tarpininkavimo raštą, kuriame atsispindėtų mirusiojo nuopelnai.
Anksčiau buvo siūlymų Bernardinų kapinių kolumbariume laidoti urnas su pelenais palaikų, kurie buvo skirti medicinos studijoms. Tačiau tokio siūlymo buvo atsisakyta.
Savivaldybės Komunalinio ūkio poskyrio vedėja Judita Nauckuvienė nurodė, kad Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto studentų preparuotus kūnus pasiūlyta laidoti Liepynės kapinėse.Skirti vietą tokiems laidojimams paprašė Vilniaus universitetas.
Be Liepynės kapinių, savivaldybė siūlė urnas laidoti ir Karveliškių kapinėse.
Atmesdama prašymą dėl laidojimo Bernardinų kapinių kolumbariume savivaldybė aiškino, kad dėl to bus galima diskutuoti tik jį sutvarkius.
Universitetas tokį prašymą parengė dėl to, kad Medicinos fakultete buvo saugomos kelios urnos su kremuotais studijoms naudotų kūnų palaikais.
Spėjama, kad tokių urnų ateityje daugės, nes gaunama daugiau pareiškimų dėl kūnų dovanojimo. Kai kurie žmonės net nurodo, kad urnos su jų pelenais turėtų likti universiteto tvarkomoje vietoje.
Suskubti universitetą vertė tai, kad Katalikų bažnyčia neprieštarauja palaikų kremavimui, bet neleidžia pelenų laikyti namuose arba jų išbarstyti gamtoje.
Beje, Bernardinų kapinių vakarinis kolumbariumas 1999 metais buvo rekonstruotas savivaldybės lėšomis, bet jam vėl reikia remonto.
2005-aisiais Bernardinų kapinės įrašytos į Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą.