Pastatas pastatytas paskutiniais sovietmečio metais, kai kokybiškų medžiagų gauti buvo itin sudėtinga, dalis medžiagų iš statybvietės buvo išvogta, tad jau po gero dešimtmečio atsiskleidė statybų trūkumai.
Dalis vėdinimo-kondicionavimo sistemos taip niekada ir neveikė. Kaip paminklas teliko nuo Kęstučio gatvės matomas aušintuvo pastatas, kuris niekada nebuvo panaudotas. Vietoje jo ateityje turėtų iškilti muziejaus saugyklų ir restauravimo dirbtuvių pastatas.
Apie tai buvo svajojama jau seniai, nes augantis muziejus privalėjo daugelį ekspozicijoms skirtų salių paversti saugyklomis. 2000 metais šiam projektui jau buvo paskirtas finansavimas, tačiau netikėtai, prasidėjus ekonominei krizei, jis buvo išbrauktas iš Valstybės investicinių projektų sąrašo.
Praėjus dar 14 metų, 2014 pradėtas rengti naujas galerijos modernizavimo projektas. Derinimas, koregavimas užtruko 6 metus, nors šis projektas visuomet buvo prioritetiniuose sąrašuose.
Galerijos rekonstrukcija numatoma vykdyti 3 etapais. Pirmiausia bus tvarkomas jau suiręs, avarinės būklės stogas, apšiltinamos sienos, keičiami susidėvėję langai.
Visas pastato šiltinimas turi būti vykdomas iš vidaus, išsaugant vertingas išorės medžiagas (pvz. fasadus dengiantį estišką dolomitą, spalvotą granitinį tinką, granitą). Stogo remontą, sienų šiltinimą, stoglangių, per kuriuos lietus sunkėsi į ekspozicijas, sandarinimą, muziejus, nesulaukdamas valstybės paramos, savo lėšomis atliko jau 2014–2015 metais, investuodamas 41 tūkst. eurų. Tačiau tai tik trumpam išsprendė problemas ir parodė, kad pastatui reikia žymiai didesnių investicijų.
Galerijos atidarymas planuojamas 2023 lapkritį.
