Kaip numatyta Motorinių transporto priemonių registracijos mokesčio įstatyme, mokesčio dydžiai yra indeksuojami kiekvienais metais. Tai daroma pasibaigus kalendoriniams metams, taikant indeksavimo koeficientą. Jis nustatomas pagal Valstybės duomenų agentūros paskelbtą mokestinių metų vartotojų kainų indeksą (VKI) jį dalijant iš šimto.
Tikslus dydis priklausys nuo automobilio išmetamo CO2 kiekio ir degalų rūšies. Pavyzdžiui, jei benzinu varomo automobilio išmetamas CO2 yra 141 g/km, įstatyme numatytas mokesčio dydis siekia 30 Eur. Jį padauginus iš Valstybės duomenų agentūros paskelbto indeksavimo koeficiento 1,366, mokesčio dydis bus 40,98 Eur.
„Regitra“ primena, kad registracijos mokestis taikomas tik lengviesiems automobiliams, kai jų nustatomo CO2 kiekis viršija 130 g/km. Jį reikia sumokėti registruojant automobilį pirmą kartą, t. y. kai norima įregistruoti naują ar iš užsienio įvežtą automobilį.
Taip pat visais atvejais, kai keičiasi automobilio valdytojas arba, kai po išregistravimo automobilis yra registruojamas iš naujo, pavyzdžiui, pasibaigus laikinos registracijos terminui. Visas surinktas mokestis yra pervedamas į valstybės biudžetą.